ಪೆರಾಜೆಯ ಶಾಸ್ತಾವು ದೇವಸ್ಥಾನದ ಆಡಳಿತವು ಪ್ರಜಾತಂತ್ರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ನಡೆಯಲ್ಪಡುತ್ತದೆ ವಾರ್ಷಿಕವಾಗಿ ನಡೆಯುವ ಮಹಾಸಭೆಯಲ್ಲಿ ಆಡಳಿತ ಮಂಡಳಿ ಆಯ್ಕೆ ನಡೆಯುತ್ತದೆ ಆಡಳಿತ ಮುಕ್ತೆಸರರು ಆಡಳಿತ ಕಾರ್ಯದರ್ಶಿ ಹಾಗೂ ಸದಸ್ಯರುಗಳನ್ನು ಸಭೆಯಲ್ಲಿ ಸೇರುವ ಊರ ಭಕ್ತಾದಿಗಳು ಆರಿಸುತ್ತಾರೆ.
ಅಧ್ಯಕ್ಷರು ಕಾರ್ಯದರ್ಶಿ ಮತ್ತು ಇತರ ನಾಲ್ಕು ಜನ  ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ಆಡಳಿತ ಮಂಡಳಿಯ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತಾರೆ ಇವರುಗಳು ಶ್ರೀ ಶಾಸ್ತಾವು ದೇವಸ್ಥಾನ ಸಂಘ ಎಂಬ ಹೆಸರಿನೊಂದಿಗೆ ಸರಕಾರದ ನಿಯಮಾವಳಿ ಪ್ರಕಾರ ನೊಂದಾಯಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಡಿಯಲ್ಲಿ ಆಡಳಿತವನ್ನು ನಡೆಸಿಕೊಂಡು ಬರುತ್ತಾರೆ ಅದರೊಂದಿಗೆ ಕೊಡಗಿನ ಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ದೇವತಕ್ಕ ಮತ್ತು ತಕ್ಕ ಮುಖ್ಯಸ್ಥ ಎಂಬ ಪುರಾತನ ಆಡಳಿತ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ಮುಂದುವರಿದುಕೊಂಡು ಬಂದಿದೆ.

ಪೆರಾಜೆಯು ಕಂದಾಯ ಇಲಾಖೆ ಪ್ರಕಾರ ಪುತ್ಯಪೆರಾಜೆ ,ಕುಂದಲಪಾಡಿ ಪೆರಾಜೆ ಎಂದು ವಿಭಾಗಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ ಆದರೆ ದೇವಸ್ಥಾನದ ಆಡಳಿತಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಆರು ಉಪ ಗ್ರಾಮವಾಗಿ ಅಂದರೆ ಬಂಟೋಡಿ, ಕೋಡಿ ಹೊದ್ದಟ್ಟಿ, ಅಮಚೂರು, ಪುತ್ಯ,ಕುಂದಲಪಾಡಿ, ಕುಂಬಳಚೇರಿ ಎಂಬಂತೆ ವಿಭಾಗಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ ಈ ಉಪ ಗ್ರಾಮಗಳಲ್ಲಿ ತಕ್ಕ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರು ದೇವಸ್ಥಾನದ ಕೆಲಸವನ್ನು ಮತ್ತು ಊರಿನಲ್ಲಿ ನಡೆಯುವ ಶುಭ ಇತರ ಕಾರ್ಯಗಳ ಜವಾಬ್ದಾರಿಯನ್ನು ಅವರು ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಿದ್ದರು.